SMA Bahrul Maghfiroh menerapakan konsep pendidikan terintegrasi antar Sekolah-Pondok-Unit usaha (Boarding School Double-track). Pondok pesantren dengan progam diniahnya berperan sebagai tempat penanaman spiritual sami’na wa atha’na untuk keberkahan. Pondok juga berperan mengelola Unit usaha sebagai tempat santri belajar mandiri dan berwirausaha. Adapun keuntungan Unit usaha sendiri akan dikembalikan untuk kebutuhan sehari-hari santri (“dari santri untuk santri”). Adanya Unit usaha akan meningkat perekonomian pondok pesantren dan mengurangi ketergantungan pada bantuan pemerintah maupun donatur dan mengurangi beban walisantri. Hal ini sebagai upaya mewujudkan pendidikan yang gratis dan berkualitas. SMA berperan sebagai tempat pengembangan intelektual santri. SMA Bahrul Maghfiroh melakukan modifikasi kurikulum terintegrasi praktek di Unit usaha. Santri tidak hanya bekerja di UMKM, tetapi juga mampu menerapkan materi yang telah diajarkan sekolah. Santri akan diberikan kebebasan untuk memilih UMKM yang diminati. Siswa yang sudah mahir dan telah menekuninya selama 2 tahun akan mendapat sertifikat keterampilan (PERGUB JATIM No.139 Tahun 2018 tentang SMA Double-Track). Sertifikat ini dijadikan salah satu parameter kelulusan siswa dan dalam perkembangannya, sertifikat ini dapat digunakan siswa untuk mempermudah mendapatkan kerja. Hal ini sebagai upaya mewujudkan hasil belajar yang relevan dan efektif.